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选项A正确，选项B不正确。对于审计中发现的非财务报告内部控制的重大缺陷，注册会计师应当以书面形式与企业董事会和经理层进行沟通；选项C和D是正确的。在内部控制审计报告中增加非财务报告内部控制重大缺陷的说明部分，披露重大缺陷的性质及其对实现相关控制目标的影响，以提醒内部控制审计报告使用者关注相关风险，但无需对其发表审计意见。综上所述，这道题应该选择ACD。