Sim zhenti

1.从PDB数据库中找到一个已知三维结构的蛋白质，查询得到其蛋白质序列、mRNA序列(仅包括ORF/CDS)和基因组序列(10分)；

2.从蛋白质数据库中找到15以上与同源基因或BlastP高度同源的蛋白质序列，下载保存为FASTA文件(10分)；

3.找到每种蛋白质对应的mRNA序列，从起始密码子到终止密码子截取开放阅读框(ORF/CDS)，将序列下载保存为FASTA文件(10分)；

4.将基因组序列与mRNA序列进行比对，分别用SIM4和GENESCAN找出外显子和内含子(10分)；

5.利用ClustalW、MUSCLE、MAFFT、T-coffee、PRANK、CAUSA等软件，对上述同源基因进行测序(10分)；

6.分别用NJ法和ML法用MEGA、PHLIP或其他软件对上述同源基因进行系统分析，绘制基因分子的系统进化树，比较各种比较方法和算法绘制的系统进化树的异同，分析系统进化树与物种的系统进化树是否一致，并说明原因(10分)；

7.找出保守区间，在保守区间(10点)设计简并PCR引物；

8.在蛋白质分析网站(ExPaSy，PDB，瑞士模型等)上分析该基因编码的蛋白质。)，并预测一级、二级、三级结构(10分)；

9.分析该基因在DDD和GEO中的具体功能和表达(提供检索到的文献目录和摘要等证据(10分)。

10.找到能调控该基因表达的microRNA，并预测其靶点和功能(10分)。