为什么要重建清代南京钟鼓楼？
从此，在清代康熙朝以前的江宁城市地图上，不仅鼓楼的位置标注得很清楚，钟楼的位置也画得很清楚。
1684年，清朝康熙皇帝视察南京，铲除黄河，了解民情，整顿官制。他曾经登上鼓楼。他鸟瞰南京古城，一时感慨万千，于是指示楼上的地方官员，告诫他们要廉洁奉公，遵纪守法，惩治腐败。
次年，两江总督王新命人在此建碑，将康熙皇帝的“神谕”刻成“神谕碑”，又称“解碑”。这座纪念碑有两英尺多高，是一只乌龟给的。站在鼓楼平台底座的中央。
为了保护甲骨文碑，清代重建了一座三开间的木质鼓楼，比明代的鼓楼小得多，也简单得多。
在这次重建中，不仅有帝王碑，还有龙凤阁。因此，鼓楼改名为“碑楼”或“长观楼”。同时，它还有“纪念楼”、“碑亭”等别称，被称为“明顾青碑”。但当时的南京人仍习惯性地称之为“鼓楼”，“街北”是南京现存最好的古代石碑。
后来康熙皇帝下令扩建南京钟鼓楼，总面积1.5万平方米。清朝乾隆年间，乾隆皇帝七下江南，其中三次专程到大钟亭，亲笔题写“三顾堂”御书三个大字匾，命人挂在大钟亭门上。
清末，清朝对南京钟鼓楼进行了修缮和重建，中间为正殿，四周为柱式回廊。大雄宝殿两层，屋顶为歇山顶双檐四坠水木结构。重檐上翘的角下，有凤凰站在花石上、双狮打球、重重叠叠彩绘图案等吉祥物。
鼓楼顶楼有一座玻璃罩中的龙凤塔，是清朝慈禧太后六十大寿时当地官员送给她的礼物。
“龙凤塔”又称“龙凤阁”，置于康熙南巡“街北”两侧的一对龙凤阁中，相得益彰，古朴典雅，供游人观赏。龙凤阁高4米，圆3.5米，外观呈塔形。龙凤阁为两层结构，六角七层，镶金铂金，金碧辉煌。
龙凤阁内有极其精雕细刻的人物、各级动植物，金光闪烁。从下到上有人物，都是勇士，三国故事里的人物等等。有花鸟、葵花、竹子、松树、车前草、万年青等。二楼有六个骑士单独雕刻，在六个亭子的支架上，凤在上龙在下，六龙抱柱，六凤吉祥；亭子的上部被飞鹤和莲花所覆盖。整个龙凤阁呈现出一幅美丽的画面，造型紧凑和谐，雕刻工艺生动精美，为世人所称道，具有很高的观赏价值。
清光绪年间，清朝在南京鼓楼东北修建了一座铁梁铁柱的六角钟楼。清初坠钟，江宁布署使许挂于钟亭。相传自从梁上挂了钟后，这种声音就变得更响了。
钟鼓楼有着丰富的历史和文化。在南京钟鼓楼，有一副著名的对联:在钟鼓楼，钟声在夜晚不停地响；在金科会场，今天的金牌榜揭晓了。